En 2008 fue creada la Dirección de Centros Universitarios y Unidades Académicas Profesionales dependiente de la Secretaría de Docencia, teniendo como objetivo coordinar el apoyo para la operación de los Centros Universitarios y Unidades Académicas Profesionales implementando de manera conjunta acciones a corto, mediano y largo plazo, que consoliden su desarrollo académico y respondan con calidad, pertinencia y equidad a los requerimientos regionales, estatales y nacionales.
Derivado de la necesidad de fortalecer y fomentar de manera integral la coordinación entre los Centros Universitarios y Unidades Académicas Profesionales, el 14 de mayo del 2013 se creó la Dirección General de Centros Universitarios y Unidades Académicas Profesionales.
En el Plan Rector de Desarrollo Institucional 2021 – 2025, se señala que la UAEM cuenta con once Centros Universitarios y siete Unidades Académica Profesionales a lo largo del territorio mexiquense, y con la finalidad de dar atención a las necesidades y requerimientos de las diferentes zonas geográficas en las que se distribuye la población, se modifica la estructura orgánica por lo que, en julio de 2022, se crea la Dirección de Centros Universitarios y Unidades Académicas Profesionales Región A y la Dirección de Centros Universitarios y Unidades Académicas Profesionales Región B.
